En el año 70 CE, la guerra entre PLANT y la Alianza Terrestre se intensificó cuando se dispararon misiles nucleares contra la planta agrícola Junius Seven. La guerra, que se esperaba que terminara con la victoria de la Alianza, que tenía la ventaja en términos de cantidad, se encuentra estancada desde hace 11 meses.

En el año 71 CE, Kira Yamato, una joven Coordinador con especialización en ingeniería, vive pacíficamente en la colonia Heliópolis en la nación neutral de Orb. Sin embargo, dentro de la colonia, la Alianza está desarrollando en secreto cinco MS y construyendo un nuevo acorazado, y al recibir esta información, el equipo ZAFT Le Creuset comienza una operación unilateral para apoderarse de ellos. La vida diaria de Kira cambia drásticamente y la colonia se transforma en un campo de batalla. Mientras Kira huye, llega a la fábrica de MS y se enfrenta a un feroz tiroteo entre soldados de la Alianza y ZAFT. Uno de ellos fue su mejor amigo de la infancia, Athrun Zala.

Como ZAFT robó cuatro de los prototipos, Kira toma el GAT-X105 Strike Gundam y se ve obligado a luchar contra su viejo amigo Athrun Zala. Lo que no saben es que hay fuerzas siniestras en acción que van mucho más allá de sus peores pesadillas.