El Zaku II fue uno de los MS de segunda fase que se mejoraron gracias al Plan de Mantenimiento Unificado. El rendimiento del propio Zaku II comenzó a deteriorarse debido a la aparición de los MS de la Federación y al desarrollo de nuevos modelos por sus propias fuerzas, por lo que se afinó retroalimentando datos de nuevos modelos. Además, basándose en los resultados de la renovación del MS-06F-2 Zaku II F2 Type, se revisaron más a fondo la forma y los materiales de la armadura y el equilibrio de la máquina, resultando en una apariencia bastante diferente a la del anterior Zaku II F-Type.

La modificación más significativa fue en la cabina, que se dice que era tan buena que incluso los nuevos reclutas con formación insuficiente podían manejarla. Además, los motores de apogeo en varias partes del fuselaje y los propulsores en la mochila se aumentaron y se hicieron más grandes, y el empuje total se incrementó en un 70 por ciento en comparación con el modelo F-Type anterior. Por otro lado, la cantidad total de propelente no había cambiado, y el límite de tiempo a máximo empuje de combate se redujo a la mitad. La armadura también se ha fortalecido considerablemente y el armamento ha sido rediseñado, por lo que no se queda atrás del RGM-79 GM de la Federación y ha logrado un rendimiento considerablemente alto. También tenía la opción de dos diseños diferentes de "casco". El casco "Tipo A", que era el diseño más común, era similar al casco típico de la serie Zaku II. El casco "Tipo B", también conocido como "Fritz Helm", fue modelado después del casco Stahlhelm utilizado por el ejército alemán en la Segunda Guerra Mundial. El Fritz Helm fue diseñado para que los pilotos de máquinas derribadas pudieran quitar la cúpula del casco y hacer reparaciones por su cuenta.

Lanzada un mes antes del final de la guerra, esta máquina es el modelo de producción final del Zaku en la Guerra de un Año, pero el número producido fue pequeño. Solo fue utilizado por algunas unidades de la Flota Espacial (especialmente las unidades compuestas por soldados escolares y nuevos reclutas), y nunca aterrizó en la Tierra, y participó en pocas batallas reales.